琼脂糖凝胶电泳是分离蛋白质，DNA或RNA的常规方法。
-
DNA分子大小的估计
-
分析PCR产物，例如在分子遗传学诊断或遗传指纹分析中
-
在进行Southern分析之前，先对限制性基因组DNA进行分离，在进行Northern分析之前，先对RNA进行分离。
-
琼脂糖凝胶电泳广泛用于评估限制酶消化后的DNA片段大小，例如在克隆DNA的限制性图谱中。
-
琼脂糖凝胶电泳通常用于解析具有不同超螺旋拓扑的环状DNA，并解析由于DNA合成而不同的片段。
-
除了为片段大小分析提供出色的培养基外，琼脂糖凝胶还可以纯化DNA片段。由于纯化在琼脂糖凝胶中分离的DNA片段对于许多分子技术（例如克隆）是必需的，因此能够从凝胶中纯化目标片段至关重要。
