电泳是基于不同分子具有与之相关的不同自然电荷这一事实在电场中分离生物分子的方法。这导致物质的不同成分在电场的影响下以不同的速率移动。想象一下，在一个托盘上有许多不同金属的小块，然后将磁铁放在托盘的一端。基于它们的特定电荷，不同的金属块（相当于“分子”）将以不同的程度被吸引到磁体上。本质上，这就是电泳中发生的事情，只是最初没有分离分子。
如今，各种电泳方法正在实践中。
电泳工作的原因归因于电磁物理学中的一个基本方程式：力等于电荷乘以该点处的电场强度。这采用以下形式：
F = qE
其中F =力，q =电荷，E =电场强度。
该方程式表明，粒子上的电荷越高，施加给定电场产生的力越强。这意味着质量相同但电荷不同的两个粒子将在整个场中以不同的速率移动。另外，任何带电分子运动的速度取决于其电荷质量比。这些特性和联系在一起，使科学家有可能将关键生物分子的成分（例如核酸）分离为较小的成分。
使用了三种主要类型的凝胶电泳。利用马铃薯淀粉颗粒的淀粉凝胶电泳是一种遗物。在琼脂糖凝胶电泳中，使用纯化的大分子量多糖作为培养基；这通常用于大型DNA分子。聚丙烯酰胺凝胶电泳是最常见的类型，因为它非常稳定并且可以在很大的分子浓度范围内工作。
在大多数实验情况下，最好进行某种形式的凝胶电泳。其他常见方式包括高分辨率电泳，毛细管电泳，等电聚焦，免疫化学电泳，二维电泳和脉冲场电泳。
电泳仪与所使用的特定介质有很大的不同。在过去，边界电泳是标准方法。在此实验设置中，将测量迁移分子整个边界的移动速率。如今，区域电泳越来越普遍，分子迁移到一小块纸上的不同区域或区域。这比边界电泳更具针对性。最后，纸电泳有时用于小分子。
