蛋白质印迹是生化实验室中最常见的程序之一。基本上，它从大小上将蛋白质与样品分开，然后使用抗体进行测试以确定是否存在给定的蛋白质。它不仅在研究中有用，而且在医学或诊断实验室中也有用。例如，针对HIV和莱姆病的检测均包括酶联免疫吸附测定（ELISA）检测，如果ELISA检测呈阳性，则进行蛋白质印迹分析。然而，尽管它很流行，但是蛋白质印迹具有一些缺点。
古典蛋白质印迹是非定量的。换句话说，尽管他们可以告诉研究人员是否存在某种特定的蛋白质，但他们无法量化存在多少蛋白质。一些生物技术公司现在出售试剂盒，使研究人员或实验室技术人员能够使用标准曲线定量蛋白质的含量-但这仅在有相同蛋白质的纯样品可用时才有效。此外，蛋白质的分子量只能通过蛋白质印迹法估算，而不能像质谱法那样精确确定。
仅当可获得针对目的蛋白的一抗时，才能进行蛋白质印迹。生物技术公司可以提供许多不同蛋白质的抗体，但它们并不便宜；如果无法使用给定蛋白质的一抗，则无法进行蛋白质印迹以寻找特定蛋白质。此外，研究人员可能想确定某种蛋白质是否已被修饰（例如，是否已被磷酸化（例如，其上有一个磷酸基团连接）），并且通过蛋白质印迹技术，他们需要对该修饰蛋白具有特异性的抗体蛋白。
正确进行蛋白质印迹并获得良好的结果可能具有挑战性，因此必须对员工进行良好的培训。在这方面，经验也许是最好的导师。即使对于有经验的技术人员，蛋白质印迹也是费时的。例如，实验的凝胶电泳仪部分通常需要一到两个小时才能运行。当然，在凝胶运行时还可以执行其他任务，但是实验仍然需要相当长的时间才能获得结果。
抗体有时可能会表现出脱靶结合，这可能导致较差的结果。此外，通过蛋白质印迹，您将使用针对特定蛋白质的抗体，因此您的结果只会告诉您该蛋白质是否存在。相比之下，高分辨率质谱分析揭示了样品中存在的所有蛋白质，与经典的蛋白质印迹不同，它是定量的。当然，重要的是要记住，与蛋白质印迹法相比，质谱法昂贵得多，并且使用起来在技术上也更具挑战性。
