在测量比细胞小得多的DNA片段的长度时，微生物学家需要技巧，而最方便的方法是凝胶电泳仪。此方法依赖于DNA片段带电的事实，它是更昂贵的方法（例如X射线晶体学）的替代方法，该方法负责发现DNA的双螺旋结构。
由于DNA分子带电，因此会受到电流的影响。当您将它们放在中性凝胶中并在凝胶上通电时，分子会向正极（阳极）迁移。因为不同大小的DNA分子带有相同的电荷，所以较小的分子会更快地传播，因此此过程将分子分成多个条带，可以与已知大小的样本进行比较。
该凝胶通常由琼脂糖制成，琼脂糖是一种多糖，在缓冲溶液中加热后会形成半固体，微孔凝胶。在一端，凝胶形成微小的凹痕，称为孔，研究人员将研究中的DNA样品与已知长度的参考样品（称为DNA阶梯）放置在一起。阶梯片段的长度已经通过另一种方法例如X射线晶体学来预定。
当凝胶浸入导电溶液中并施加电压时，碎片开始迁移通过凝胶-先是较小的碎片，然后是较大的较慢的碎片。它们最终根据大小形成类似频谱的波段。
一旦发生这种情况，研究人员将关闭电源，用DVA结合染料注入凝胶，并在紫外线下检查样本。使用梯子作为参考，研究人员可以确定可见带中每个片段的大小。只有条带可见–单个DNA片段太小而看不见。
并非样品中的每个谱带都有可能与阶梯上的谱带配对，因此，为了确定这些未知片段的大小，科学家通常会绘制一个图。x轴上的是梯子中每个频段的行进距离（以毫米为单位），而y轴上的是每个频段的大小。当这些点通过曲线连接时，在测量该带行进的距离（以毫米为单位）后，可以从曲线中推断出任何带的大小。
