许多人都熟悉使用凝胶电泳分离大分子（如DNA）的方法。但是，凝胶电泳也可以用于分离蛋白质。
不同的蛋白质具有不同的大小，主要是由于氨基酸蛋白质上的其结构中构件的数量。附着的化学修饰也会影响其大小。不同的蛋白质也具有不同的电荷。这可能是由于用于构建它们的氨基酸类型以及与它们连接的修饰类型所致。
不同类型的电泳凝胶用于提供不同类型的信息。因此，您选择的凝胶类型取决于您要提问的类型。
蛋白质电泳
SDS-PAGE凝胶电泳从不同种类鲨鱼的血液中分离蛋白质
通常，由聚丙烯酰胺制成的凝胶根据其不同大小用于分离蛋白质。通常，首先要对蛋白质进行加热处理，然后再加入一种称为SDS的化学物质为了以解开蛋白质。SDS是一种去污剂，可使所有蛋白质具有相同的整体负电荷，因此，当电流施加到凝胶上时，分离仅是由于蛋白质的大小。该技术称为SDS-PAGE（SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳）。
小蛋白分子在凝胶中的移动比大蛋白更快，从而形成一系列“条带”。每个条带包含特定大小的蛋白质。这些可以与已知大小的标准进行比较。
SDS-PAGE凝胶已用于根据大小分离蛋白质。样本是各种鲨鱼的血液种。第一泳道包含已知大小的标记。大蛋白在凝胶的顶部，小蛋白在底部。
该技术可能用于许多目的，包括纯化特定的蛋白质，例如分离酶食品工业中的蛋白质。
等电聚焦（IEF）和琼脂糖凝胶电泳是蛋白质可通过其不同电荷分离的两种方法。与SDS-PAGE不同，蛋白质通常保持其天然（折叠）状态。所用凝胶的类型以及凝胶周围的溶液也不同。
在琼脂糖凝胶电泳中，蛋白质装载在孔的中间。带有强负电荷的蛋白以最快的速度向凝胶的正侧移动，而带正电荷的蛋白则以相反的方向移动。
这种技术可以用于具有相同分子量的蛋白质分开重量但不同电荷，或当大小并不重要（例如对疾病的发展过程中在不同的蛋白质的存在的变化看）。
