超纯水用于印迹的许多步骤：样品，缓冲液，凝胶和冲洗液的制备。在进行自身印迹之前，无论是进行Southern印迹还是Northern印迹，样品制备都需要特别注意用于保护原材料（分别为DNA或RNA）的水质。
主要的样品制备步骤是通过提取，扩增和预处理使RNA变性以防止形成碱基配对的二级结构，从而进行分离。
水质参数
-
离子
带电分子可以通过改变溶液（缓冲液，样品等）的整体电荷，然后加速或延迟迁移来干扰迁移电泳步骤。
在杂交步骤中离子的浓度也很重要。为了在最佳条件下进行杂交，应注意特定的浓度。从几乎没有离子的水开始（25°C时的电阻率18.2MΩ•cm）可确保在正确的离子强度和pH值下制备缓冲液。
-
有机物
有机分子会在杂交过程中产生干扰。那些带负电荷的分子可以像DNA和RNA一样起作用，并且可以代替DNA或RNA非特异性结合。带正电的分子实际上可以与DNA或RNA和寡核苷酸结合，从而阻碍或干扰杂交过程。因此，建议使用低TOC值（<10 ppb或µg / L）以确保有机物含量方面的水质良好。
-
核酸
酶核酸酶降解NA样品。使用超滤可有效去除这些酶。在将水从系统中抽出并使用之前，将超滤器安装在净化单元的出口。请参阅“ 无核酸酶水”部分。
-
细菌
细菌释放可降解核酸样品的核酸酶。它们含有DNA，可能会干扰要检查的DNA。最终，它们释放出离子和有机物，这些离子和有机物可能会对印迹步骤产生负面影响。用Ultrafilter（BioPak）纯化的水细菌含量<0.1 cfu / mL。
总而言之，考虑到与印迹步骤相关的整个过程，水应不含核酸酶和细菌，具有高电阻率和低TOC。所有这些都可以在输送高纯度水的净水设备的使用点（出口）处使用超滤设备获得。
