核酸印迹是一种成熟的技术，用于鉴定先前在凝胶中分离的特定核苷酸序列的存在。（
Southern印迹以其发明者英国生物学家Edwin Southern命名。在Southern印迹中，分析DNA，在Northern印迹中如果是RNA。在这两种情况下，来自完整凝胶的DNA或RNA都将转移到一块硝酸纤维素膜或尼龙膜上。然后将膜暴露于杂交探针，即具有特定序列的单个DNA片段，要确定其在靶DNA（或RNA）中的存在。对探针DNA进行标记，以便可以通过射线照相，荧光或化学发光法对其进行检测。
印迹的第一步是核酸从凝胶到膜的转移，这通常使用毛细管转移方法完成。在此过程中，将凝胶放置在纸芯的顶部，该纸芯浸入包含转移缓冲液的容器中。膜夹在凝胶和一堆吸收性材料（通常是干纸巾）之间，该吸收性材料通过毛细管作用使转移缓冲液通过凝胶。然后，凝胶中的核酸分子被缓冲液携带并固定在膜上。真空吸印是另一种越来越流行的吸印程序，因为它速度更快且回收率很高。真空印迹法还使用缓冲液流将核酸带转移到膜上，但是它使用真空而不是毛细管作用来创建该流。
一旦转移完成，最初在凝胶上的所有核酸带就被固定（印迹）在膜上，杂交过程可能开始。将膜与一小段DNA或RNA（探针）一起孵育，该DNA或RNA的序列与膜中特定的DNA或RNA序列互补。这允许探针与膜上的特定DNA片段杂交或结合。探针先前已被标记，通常用放射性原子，荧光染料标记或用酶标记，该酶在与合适的底物孵育后会产生化学发光信号。杂交后，标记的探针允许从膜上许多不同的DNA片段中检测目标DNA片段。
