DNA测序可以看作是三种技术或步骤的组合：
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步骤1：通常通过基于PCR的技术生成DNA片段
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步骤2：通过毛细管或常规琼脂糖凝胶电泳分离片段
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步骤3：检测步骤，最常见的是荧光检测。
水质对每个步骤的影响将在单独的部分中介绍。
这里简要介绍了水质的影响。用于操作DNA测序仪的水质应符合某些质量标准，以优化测序过程。
无核酸酶的水
建议使用无核酸酶的水，以避免在DNA测序的所有步骤中DNA降解。使用超滤设备可以有效地去除核酸酶（请参阅无RNase的水部分）。使用点超滤滤芯可以安装在净水系统的出口，以根据需要提供无核酸酶的水。
有机物
有机物是DNA测序中最具破坏性的污染物。实际上，有机物的高负载会损害毛细管内部或较大凝胶中的凝胶电泳过程。天然物质降解产生的大型有机酸，例如腐殖酸和富里酸，在电泳过程中可能与DNA片段共洗脱，并且在PCR步骤中也会干扰聚合酶的效率。另外，更常见的是，某些有机物会干扰荧光检测并导致所分析目标DNA测序的错误。实际上，大多数测序技术都是基于对附着在DNA片段上的荧光染料的检测。荧光吸收和猝灭有机分子的存在会干扰检测。
为了确保用于DNA测序的高纯水的有机纯度，建议使用总有机碳含量较低的有机碳，即总有机碳（TOC）。在高纯水净化系统中，TOC的规格<5 ppb（µg / L）。
离子
在PCR步骤中，需要仔细调节某些离子（例如镁）的含量，以优化聚合酶的效率。必须除去其他离子，镉和一些其他二价阳离子，以防止抑制聚合酶。当所用的水具有高纯度且不包含未知浓度的离子时，也可以最好地获得和控制电泳过程中所需的离子力。
高电阻率（18.2MΩ•cm）确保水中的离子含量低（总离子浓度低于1 µg / L）。高纯度水净化系统旨在按需提供连续的高电阻率水。
细菌
细菌可以在水中释放核酸酶，因此，应将其去除以避免核酸降解。细菌还会释放出可能干扰目标DNA片段电泳分离的DNA。另外，如前所述，细菌会释放离子和有机物，这两种污染物都会干扰DNA测序。
通过在整个净化过程中结合技术和维护建议，可以使用水净化系统控制细菌的水平。膜技术，绝对微滤或超滤为0.2 µm，可在交货时去除细菌，并确保细菌水平<0.1 cfu / mL。254 nm的杀菌紫外线。
总体而言，在测序步骤中，水质应符合以下标准：
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无核酸酶
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高电阻率（18.2MΩ•cm）
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有机物含量低（TOC <5 ppb）
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低细菌数（<1 cfu / mL）
DNA测序仪制造商还使用水来制备毛细管。水质对于该步骤很重要，尽管科学家在购买设备时对毛细管制备没有太多控制。
