**快的是超螺旋，其次是线性DNA，**慢的是开环DNA；
其实我们提取质粒的时候常见的是两条带：超螺旋和开环DNA，但是个人觉得线性的DNA也是存在的，只是量很少而已，因为质粒如果变成线性的话，其就不能进行正常复制，就会慢慢降解掉。所以提取出来的量就会很少，但是我觉得是存在的。
用酚、氯仿法从工程菌中提取的质粒一般有三种构像，即超螺旋，线形和开环。（开环质粒是指双链环状的质粒DNA有部分解链，因此电泳速度**慢）三种构像的质粒在琼脂糖电泳的前后顺序是超螺旋>线形>开环，线形的质粒在中间，而开环的质粒在**后。
判断质粒质粒好坏的一个指标就是超螺旋质粒在所以质粒中的含量。因为用质粒转染真核细胞时，超螺旋的质粒效率**高，所以要求质粒中超螺旋质粒的含量要在90％以上，这也是对作为核酸疫苗重组质粒的要求。
根据我做实验的经验，回答你的问题
1 从细菌中大量提取的质粒电泳时，不一定均出现三条带，有时会出现两条，甚**一条(一般是超螺旋的质粒)，这跟上样量也有些关系。出现不同的结果都是由抽提质粒时的操作手法造成的。如果严格按照操作步骤，超螺旋的质粒会较多。
2 酶切将质粒线性化以后，才可以用mark判断大小。如果有三种构像，可以用中间那条带与mark比较判断大小。
3 商品化的质粒我没有直接跑过电泳。我估计应该大部分是超螺旋构像。
4 酶切后线性化条带电泳时所处的位置就指示质粒的大小
首先得搞清楚，你用得内切酶在质粒序列中（包括你克隆的基因）总共有几个位点？如果2个以上，出现上述结果就比较好解释了。 可以将酶切前后得质粒一起跑电泳，比较一下，酶切后得四条带与酶切前两条带得大小是否有差异。
部分酶切也是有可能的，原因是你的质粒量太大，酶没有作用完。或者是酶活力不够/酶量太少。
质粒提取比较好的情况下，**前面得超螺旋构像较多。假如提取质粒时，加溶液II以后，剧烈地振荡，你就会发现，在质粒电泳图中，开环构像比例很高，甚**会超过超螺旋构像的亮度，也就是说这种质粒质量很差。
1，提质粒**好用kit。现在国内、国外的提质粒kit很多，质量都不错，价格也不贵。一般提取1－5ml菌体质粒的一次反应，可能就3－5元人民币，半小时时间，一台普通台式离心机（可以不带制冷的）。提取的质粒质量很好，一般都是超螺旋的，进行常规的分子生物学反应都没有问题，且很少RNA和基因组DNA污染。一句话：省时省事质好。用酚氯仿等抽，常会影响后续的操作。
2，鉴定质粒的方法。**好是测序。其次是多采用几组酶进行双酶切分析，再电泳检测片断大小与理论值是否一致。
仅仅靠电泳质粒判断大小的方法来检测误差太大。一是因为质粒结构不均一，前面很多tx都提到了。二是质粒太大后，其大小本身就不易从胶上判断准确。比如一个5kb和5.5kb的质粒其大小是不易从电泳胶上区分的。
